Navicula Artis появилась на карте Петербурга в 1992 году. Недавние выпускники кафедры истории искусства ЛГУ получили возможность устраивать выставки в просторном белом зале Дворца Труда, а куратор галереи Иван Чечот — получил великолепное пространство для реализации своих замыслов. Тогда, в 92-94 годах и определился стиль работы галереи, который существенно отличал ее от всех других галерей и выставочных пространств города. Любая выставка задумывалась и осуществлялась как полноценный концептуальный проект, в котором каждый раз по-новому осмыслялось и пространство и содержательная интрига, настолько, что каждый вернисаж представлялся подлинным событием, разыгранным как театральное действо.
В 1998 году Navicula Artis обосновалась на Пушкинской 10, что фактически стало ее новым рождением. За время существования галереи было организовано более ста выставок, двух десятков коллективных акций — прогулок и поездок, а также литературные чтения и просто мероприятия. Когда галерея переместилась на Пушкинскую, вся деятельность по организации выставок и акций стала осуществляться Глебом Ершовым и Андреем Клюкановым. Среди состоявшихся стоит выделить следующие. «Странный человек. Странное тело» — одна из первых маштабных выставок современной фотографии, в которой приняли участие более тридцати петербургских фотографов (кураторы Глеб Ершов, Надежда Воинова). Первую выставку в Петербурге гуру московского концептуализма Андрея Монастырского «Инсталляция 70-е годы» (куратор Екатерина Бобринская) и выставку графики Виктора Пивоварова и Павла Пепперштейна «Вещи в ландшафте» (куратор Екатерина Бобринская, Николай Шептулин). Фестиваль современного искусства в музеях Ленинградской области «Новые передвижники», в ходе которого прошли выставки, акции, хэппининги московских и петербургских художников – Анатолия Осмоловского, Юрия Лейдермана, Елены Елагиной и Игоря Макаревича, Вадима Драпкина, Олега Хвостова и Ивана Чечота (кураторы фестиваля — Ершов и Клюканов). Выставка Алексея Костромы «Инвентаризация желтого дождя» (Надежда Букреева, Ершов), «Детский проект» Ивана Оласюка (кураторы Филипп Федчин, Иван Чечот) и несколько выставок Артура Молева, среди которых особо отметим «Радиообвод» (кураторы Ершов, Клюканов).
Галерея много работает с молодыми художниками, открывая их петербургской публике. Так в 1999 году состоялось открытие выставки Олега Хвостова, ставшего одним из любимых художников галереи («200 + 1», Ершов), прошла первая заметная выставка Игоря Брякилева «Из сада в сад» (куратор Александр Степанов), а в 2002 году — выставка Олега Шагапова «No smoking!» (кураторы Ершов, Клюканов). Значительными по экспозиционному размаху и новизне концепции стали выставки Петра Швецова «Аэропланы», специально для которой на потолке галереи была написана гигантская фреска и Петра Белого «Сны вахтерши», преобразившая пространство выставочного зала в одну тотальную инсталляцию (первый масштабный опыт его работы в этом жанре). Одним из направлений деятельности галереи является выявление имен художников непрофессионалов, творчество которых стало настоящим открытием для арт — сцены нашего города. Так были проведены две выставки Евгения Залманова: «Масштаб 100:1», на которой демонстрировались пластилиновые города вымышленной цивилизации, созданные в 1970-е годы и «Наблюдения» — серия дневниковых зарисовок художника-дилетанта в жанре арт брют. Также состоялись две выставки Андрея Юрьева («Календарь. Шкафчики», «Наглядные пособия»), практически полномасштабно открывшие публике удивительного коллекционера, создающего из китчевых вещей советской эпохи остроумные ассамбляжи.
Кроме того галерея постоянно привлекает к участию художников, выступающих на кураторском поприще. Несколько проектов, ставших громкими событиями в современной художественной жизни Петербурга, были осуществлены Юрием Александровым: «Читальный зал. Без Гутенберга» — однодневная выставка — акция, где были собраны рукописные раритеты, образцы народного книжного творчества, подпадающие под определение «книга художника»; «Кунстлагерь. Ручные вещи» — выставка — провокация по отношению к современной парадигме искусства — объекта (Ершов, Клюканов) и выставка — мистерия «Последний ужин» с ритуальным поеданием макарон и демонстрацией книг-уникатов самого Алесандрова. В рамках ежегодного фотомарафона серию концептуальных выставок курировал Дмитрий Пиликин. В частности, он выступил куратором нескольких выставок Дмитрия Шубина, а также современных петрозаводских художников и совместной русско-финской выставки фотографии «Memento mori».